智能卡的另一个缺点是并非所有智能卡读卡器都兼容所有类型的智能卡。有多种类型的智能卡，有些使用非标准协议进行数据存储和卡接口;一些智能卡和读卡器也使用与其他读卡器不兼容的专有软件。
虽然智能卡对于许多应用程序来说可能更安全，但它们仍然容易受到某些类型的攻击。可以通过智能卡技术从芯片恢复信息的攻击。差分功率分析可用于推断公钥算法（如RSA）使用的片上私钥。对称密码的一些实现也易受定时攻击或差分功率分析的影响。还可以物理地拆卸智能卡以便访问机载微芯片。
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